Tuy nhiên, trước sự lo ngại của nhiều phụ huynh, Sở Y tế Hà Nội đã tạm dừng tiêm hai lô vaccine số 124001 và 123002 của Comirnaty (Pfizer) có hạn sử dụng tại giấy chứng nhận xuất xưởng là ngày 30/11/2021 và được tăng hạn lên thành 28/2/2022 để xin ý kiến chuyên môn của Bộ Y tế.
Cùng với đó, TP Hà Nội đã rà soát lại tất cả các điểm tiêm, các dây chuyền tiêm chủng về điều kiện cơ sở vật chất, trang thiết bị và nguồn nhân lực nhằm bảo đảm an toàn tiêm chủng cao nhất. Đối với các lô vaccine khác, Hà Nội vẫn triển khai tiêm chủng bình thường.